Pupuk Bokashi adalah pupuk hasil fermentasi bahan organik menggunakan starter anaerobik maupun aerobik, yang biasanya berupa campuran starter mikro organisme, molasses, air, dan sekam padi. Pupuk kompos yang sudah jadi pun juga bisa digunakan untuk proses pengomposan selanjutnya, proses ini dapat dilakukan secara berulang ulang, dan dengan cara ini lebih efisien. Starter yang digunakanpun bisa bermacam macam, dapat diinokulasikan dari material yang sangat sederhana seperti ragi, sake, anggur, bir, spora jamur, jamur, kotoran hewan, cacing, acar, miso, natto, asal bahan tersebut mengandung organisme yang bisa melakukan proses pengomposan.

Dalam proses pembusukan atau pengomposan di tingkat rumah tangga, biasanya sampah dapur dijadikan material, disertai dengan starter dan bahan tambahan lainnya yang bisa dijadikan sebagai pembawa starter seperti kulit gandum, sekam padi, batang jagung, maupun sisa gergaji kayu. Mikroorganisme starter pada umumnya berupa bakteri asam laktat, bakteri fototrofik, ragi merupakan bakteri yang dapat mempercepat pembusukan dan memfermentasikan sampah dapur materi organik.

Umumnya pembusukan atau pengomposan terjadi setelah 10-14 hari. Pupuk yang dihasilkan penampakannya berbeda dengan pupuk kompos yang ada pada umumnya. Pupuk bokashi akan terlihat mirip dengan sampah yang aslinya, akan tetapi warnanya lebih pucat. Material Pupuk bokashi akan membusuk hanya saat dimasukan di dalam tanah. Pengomposan pupuk bokashi hanya sebagai mempercepat proses terjadinya proses pembusukan material organik.

Pupuk Bokashi, menurut Wididana et al (1996) dapat memperbaiki sifat kimia, biologi tanah, fisika, menjaga kestabilan produksi tanam dan meningkatkan produksi tanaman, serta menghasilkan kuantitas dan kualitas hasil pertanian yang berwawasan lingkungan. Pupuk bokashi tidak meningkatkan unsur hara dalam tanah, akan tetapi hanya memperbaiki sifat bioligi tanah, fisika, dan kimia, sehingga pupuk anorganik masih tetap diperlukan (Cahyani, 2003). Pupuk bokashi dapat digunakan untuk meningkatkan aerasi pada tanah, meningkatkan kandungan material organik pada tanah yang keras dan mengurangi bulk density tanah (Susilawati, 2000, dan Cahyani, 2003). Berdasarkan hasil penelitian Cahyani (2003), dengan menambahkan pupuk bokashi nilai batas cair dan batas plastis tanah latosol bisa ditingkatkan akan tetapi terjadi peningkatan indeks plastisitas, itu terjadi hanya bisa dilakukan jika berbahan dasar arang sekam padi. Penambahan pupuk bokashi pada arang sekam padi juga sangat berpengaruh terhadap peningkatan tinggi maksimum tanaman, serta kekuatan geser tanah pun meningkat. Dengan pengaplikasian bokashi sebelum pengolahan tanah sangat bermanfaat jika digunakan untuk mengurangi kelengketan tanah terhadap mesin bajak dan alat sehingga dapat performa mesin bajak dan alat meningkat (Yusuf, 2000).